如果不定期清洗太阳能热水器，那么它里面就会积累很多水垢。而这些水垢中含有多种化学成分，长时间过后，水中的有害物质就会不断增加，可能会导致使用者皮肤过敏。另外，粘泥、微生物、在长时间的不断更新与交替反应中，也会生成很多有害物质，从而引发多种皮肤病。
太阳能 热水器是太阳能应用为广泛的一个领域，使用太阳能作为能源而制作的热水器无论是在能源的利用率上还是用户的使用体验上， 太阳能热水器 都有不错的表现，但是很多用户一味地使用太阳能热水器，但是却没有定期的清洗，造成了由于污垢水垢造成的诸多问题，更严重的是由于长时间不清洗可能直接结束太阳能热水器的一生，因此用户在使用太阳能热水器的时候要注意太阳能热水器如何清洗这个问题。
1.打开太阳能热水器进水口；
2.太阳能热水器除垢剂加入到存水箱；
3.自动热循环20-30分钟，使除垢剂溶液充分接触各部位；
4.打开排水口，排干清洗液；
5.将水箱加满水后再循环两分钟；
6.排干循环水，清洗除垢工作完成。
夏季水桶内的热水使用后应及时加满(放心加水，只要玻璃管内有水就不会爆裂的，玻璃管内的水是放不出来的，除非长期不使用也没有加水，玻璃管内的水都被蒸发掉了，这种情况下有太阳照射时是不能加水的)，这样可以降低水桶内的水温，减少结垢，如果没有水温、水温显示仪的话，建议加装一个，这样可以方便地查看水桶内的水温和水位情况。要尽量使水桶内的水温低于80度，60-70度，这样就不会产生水垢了。夏季洗衣服、洗碗等都尽量使用热水，然后及时加满自来水，以降低水桶内的水温。夏天如果水桶内的水温过高，可用防晒网或其它物品将玻璃管罩住，降低太阳的照射。