控制结垢有溶解、消除结垢和除垢两种方法，前者是通过对液体的预处理消除结垢，后者是对已经产生的结垢进行清除。 普通的除垢方法分化学方法和物理方法。 化学除垢处理是采用化学药剂使太阳能热水器系统中的真空管、管道和其他设备中的水垢溶解、疏松、脱落、具体的方法有碱洗耳恭听、酸洗、络合剂清洗、离子交换剂软化等。
真空管内的水垢会影响加热效率，水垢越厚加热越慢，所以会有太阳能热水器使用时间越长，加热越慢的现象。清洗以后水垢消除，加热时间缩短，节省电费。水垢会占用水箱容积，水垢厚了，能储存的热水量就少了。去除水垢，水箱的热水储存量就能越来越多。
除了在用户体验上，如果不及时的清洗太阳能热水器还会降低太阳能热水器的传热效率，甚至热能转换效率会失效，水垢的积累还会导致微生物和的滋生和增长，会导致皮肤病的产生。若水垢过厚则会导致真空管内的热量难以散发，甚至有爆裂危险。因此用户需要注意，养成定期太阳能热水器清洗的习惯。
太阳能热水器用户不知道，太阳能热水器运用二年以上水箱内都会有一层水污。这是由于水中溶有一定数量的钙镁盐类，如碳酸氢盐、碳酸盐等一同还富含泥沙和有机物等，这些盐类在受热进程中发生物理和化学变化而构成水垢，就像我们用电开水壶烧开水一样久了都会看到有一层水污。水中富含碳酸氢钙在水温添加进程中会分解生成难溶的碳酸钙。专注于太阳能热水器化学清洗。