如果不定期清洗太阳能热水器，那么它里面就会积累很多水垢。而这些水垢中含有多种化学成分，长时间过后，水中的有害物质就会不断增加，可能会导致使用者皮肤过敏。另外，粘泥、微生物、在长时间的不断更新与交替反应中，也会生成很多有害物质，从而引发多种皮肤病。
真空管内的水垢会影响加热效率，水垢越厚加热越慢，所以会有太阳能热水器使用时间越长，加热越慢的现象。清洗以后水垢消除，加热时间缩短，节省电费。水垢会占用水箱容积，水垢厚了，能储存的热水量就少了。去除水垢，水箱的热水储存量就能越来越多。
除了在用户体验上，如果不及时的清洗太阳能热水器还会降低太阳能热水器的传热效率，甚至热能转换效率会失效，水垢的积累还会导致微生物和的滋生和增长，会导致皮肤病的产生。若水垢过厚则会导致真空管内的热量难以散发，甚至有爆裂危险。因此用户需要注意，养成定期太阳能热水器清洗的习惯。
积累残留在热水器中的水杂质对皮肤有害，敏感型肌肤的人用含有杂质的水洗浴还可能感染皮肤病。清洗热水器能清楚杂质，更加呵护您的肌肤；避免水垢积累过多，造成真空管热量难以散发而发生爆炸，定期清洗能大大降低爆炸事故的发生率。