性质上的相同之处
国际经贸实践中的保函大多是见索即付保函，它吸收了信用证的特点，越来越向信用证靠近，使见索即付保函与备用信用证在性质上日趋相同。表现在：，担保人银行或开证行的担保或付款责任都是性的，虽然保函或备用信用证从用途上是发挥担保的作用，即当申请人不履行债项时，受益人可凭保函或备用信用证取得补偿，当申请人履行了其债项，受益人就不必要使用（备用信用证就是如此得名的）；第二，它们虽然是依据申请人与受益人订立的基础合同开立的，但一旦开立，则独立于基础合同；第三，它们是纯粹的单据交易，担保人或开证行对受益人的索赔要求是基于保函或备用信用证中的条款和规定的单据，即只凭单付款。因此，有人将保函称为“担保信用证”。
独立性保函则不同，它虽是依据基础合同开立，但一经开立，便具有独立的效力，是自足文件，担保人对受举益人的索赔要求是否支付，只依据保函本身的条款。
独立性保函一般都要明确担保人的责任是不可撤销的、无条件的和见索即付的。保函一经开出，未经受益人同意，不能修改或解除其所承担的保函项下的义务；保函项下的赔付只取决于保函本身，而不取决于保函以外的交易事项，银行收到受益人的索赔要求后应立即予以赔付规定的金额。见索即付保函就是独立性保函的典型代表。
保函和备用信用证适用的法律规范和国际惯例不同。
由于各国对保函的法律规范各不相同的，到目前为止，尚未有一个可为各国银行界和贸易界广泛认可的保函国际惯例。独立性保函虽然在国际经贸实践中有广泛的应用，但大多数国家对其性质在法律上并未有明确规定，这在一定程度上阻碍了保函的发展。
在凭保函交付货物的情况下，收货人保证在收到提单后立即向船公司交回全套正本提单，承担应由收货人支付的运费及其他费用的责任，对因未提交提单而提取货物所产生的一切损失均承担责任，并表明对于保证内容由银行与收货人一起负连带责任。凭保函签发提单则使得托运人能以清洁提单、已装船提单顺利地结汇。关于保函的法律效力，海牙规则和维斯比规则都没有作出规定，考虑到保函在海运业务中的实际意义和保护无辜的第三方的需要，汉堡规则次就保函的效力问题作出了明确的规定，保函是承运人与托运人之间的协议，不得对抗第三方，承运人与托运人之间的保函，只是在无欺骗第三方意图时才有效；如发现有意欺骗第三方，则承运人在赔偿第三方时不得享受责任限制，且保函也无效。