在进行污水井清掏抽粪的过程中，还需要注意污泥的处理方式。一般来说，经过清掏的污泥经过初步脱水后，可以送往污泥处理中心进行后续处理，如经过浓缩、臭氧等工艺来减少对环境的影响。
在清理过程中，需要先将污水井表面的杂物和落叶等清除干净，然后使用铁锹等工具将井底部的硬泥和杂物挖掘出来。如果遇到硬泥和杂物比较难以清理的情况，可以使用高压水枪进行冲洗。在清理过程中需要注意，避免因操作不当导致的意外事故。
主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。
化粪池的清掏周期与粪便污水温度、气温、建筑物性质及排水水质、水量有关。设计清掏周 期过短，则化粪池粪液浓度过高，与实际清掏周期差距过大，影响正常发酵和污水处理效果，甚至造成粪液漫溢，影响环境卫生。设计清掏周期过长，则化粪池容积过大，增加造价。