北京同仁医院拥有教育部重点实验室1个，工信部重点实验室1个，北京市重点实验室5个;工程研究中心1个，省部级工程研究中心4个;省部级国家科技合作基地2个，北京实验室1个。医院是全国防盲技术指导组和防聋治聋技术指导组组长单位，设有世界卫生组织防盲合作中心和世界卫生组织防聋合作中心，作为国际眼库协会会员单位，设有北京同仁眼库。
北京同仁医院拥有中国工程院院士1名，国家万人计划4人，长江学者1名，百千万工程人选9人，国家杰出青年基金获得者2名，国家青年基金获得者1名，享受政府特殊津贴专家11名，荣获省部级突出贡献专家15人，北京学者4名，青年北京学者2名，万人计划教学名师1人。
北京同仁医院眼底科坚持以临床服务为根本，以科研创新为导向，医疗、教学、科研、预防发展的目标，推动了创新型的科学研究工作的持续开展和学科临床服务水平的不断提高。
北京同仁医院眼底科现已发展成为我国规模大、技术力量强的眼底病手术专科。多年来在国内始终保持黄斑疾病手术量首 位。在黄斑部疾病、各种视网膜脱离、糖尿病视网膜病变、高度近视眼底病变、早产儿视网膜病变、眼内肿瘤等主要眼底疾病的诊治水平均处于国际先 进水平。