近年来，医院对外合作取得实质进展，集团化发展初具规模。2018年，受张家口市人民政府和崇礼区政府委托，接管崇礼区人民医院，北医三院崇礼院区揭牌；受北京大学指派，与延安市政府正式签约，托管延安市中医医院，北医三院延安分院揭牌；与首都机场集团公司合作，接管北京首都国际机场医院，北医三院首都国际机场院区揭牌。此外，兵器工业集团北方医院深度合作在即，海淀北部医学中心建设稳步推进，北医三院顺义院区进入筹备阶段。集团化发展战略为学科发展赢得了宝贵的空间，也为医院未来合理布局提供了前所未有的机遇。
北医三院拥有3个教育部创新团队：骨科、运动医学研究所、妇产科；3个教育部重点实验室：辅助生殖、分子心血管学（参与）和视觉损伤与修复（参与）；1个国家卫生健康委重点实验室：心血管分子生物学与调节肽；8个北京市重点实验室：磁共振成像设备与技术、脊柱疾病研究、生殖内分泌与辅助生殖技术、心血管受体研究、运动医学关节伤病、幽门螺杆菌感染与上胃肠疾病、眼部神经损伤重建保护与康复、神经退行性疾病生物标志物研究及转化。
北医三院为完成单位，乔杰院士团队牵头的“配子胚胎发育研究与生育力改善新方法的应用”研究荣获2017年国家科技进步奖二等奖，“生殖细胞发育的表观遗传调控机制及体外干预方法研究”项目，荣获2018年中华医学科技一等奖；骨科刘忠军教授团队牵头的“3D打印钛合金骨科植入物的临床应用与关键技术研究”荣获2018年北京市科学技术奖一等奖。
胃镜检查过程
1、事前准备，检查前至少8小时不得进食，进水，食物在胃中易影响医师的诊断，并且易促发受检者恶心呕吐。为了减少喉咙的不适，医护人员会在检查前3分钟，在受检者喉头喷麻醉剂。
2、检查过程，先换上宽松衣物，采左侧卧姿，双腿微曲。当医师把胃镜由受检者口中所含的塑胶器伸入时，应全身放松，稍做吞咽动作，使胃镜顺利通过喉咙进入食道。在通过喉咙时会有数秒感觉疼痛，想呕吐，这是胃镜检查时较不舒服的时刻。
3、当医师在做诊断时，不要做吞咽动作，而应改由鼻子吸气，口中缓缓吐气，以便检查顺利完成。有些人会因空气随管子进入胃中，而感觉胀气，恶心。如果感觉疼痛不适，请向医护人员打个手势，千万别抓住管子或发出声音。
4、事后处理，检查后1至2小时内勿进食，若喉咙没有感觉不舒服，可先喝水；若无呛到，就可先进食软性食物，以免粗糙食物使食道或胃造成出血。有些人会有短暂的喉咙痛，异物感，通常1至2天就可恢复。