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长期从事风湿临床免疫基础和临床研究。首次发现：新生抗原介导了强直性脊柱炎发病，是该领域里程碑式重大发现（Science，2023）；类风湿关节炎滑膜中铁死亡机制；CD147是病毒和疟原虫入侵人体新受体。研发成功抗恶性疟疾和重症新冠病毒感染特异创新；建立了炎性关节炎内外科综合诊疗关键技术体系，首先提出“AS合并髋关节炎MRI评估标准”，主持建立《ANCA检测技术》和《中轴型脊柱关节炎综合评估》中国专家共识。
以/通讯作者发表SCI论文117篇，其中Science、Cell Metab等IF 20以上国际顶刊9篇，IF 10以上13篇，ESI前1‰热点论文1篇、前1%高被引论文3篇；授权国际国内专利18项；承担973、863、国科金重点等重大项目12项；获国家一类新药证书及上市许可1项，军特药证书及生产许可1项；获国家二等奖2项、省部级一等奖7项；主编教材专著4部；3次入选全国医药卫生/中国医药生物技术十大进展。
朱平瞄准世界医学前沿，对接当时国际科研发展和疑难危重病诊治需求，将研究重点锁定在了刚刚兴起的风湿免疫专业，及时引进医院台代表当时国际水平的流式细胞仪，在临床研究中开展免疫活性细胞定量和功能分析技术，为患者诊断、、预后评估、不良反应监测等提供重要帮助。