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医院在以医院综合实力为主体，神经科学和老年医学为特色的“一体两翼”发展格局下，各学科稳步发展。神经科学各分支学科不断发展壮大：神经内科是重点学科，曾是中华医学会神经病学分会主任委员单位;神经外科及北京脑血管病中心是重点学科主要参加单位;功能神经外科与运动障碍病中心被国际机构命名为“成就临床中心”，是国内该领域的领军团队;北京市神经内科会诊中心被誉为国内“诊断机构”;神经介入、神经病理、神经康复、神经医学影像、神经药理、神经生物化学、神经电生理、基因与细胞诊断、血管超声诊断等学科齐头并进，凝聚成为综合实力居国内地位、令海内外瞩目的神经科学集群。血管外科由我国血管外科学首席专家、中科院院士汪忠镐教授和院长张建教授领衔，成为国内该学科领军团队之一。目前拥有重点学科2个，国家重点培育学科1个，国家临床重点专科(项目)6个，北京市临床重点专科3个。
医院拥有教育部重点实验室1个，国家工程实验室1个，北京市重点实验室7个，包括神经变性病教育部重点实验室、互联网医疗救治技术及应用国家工程实验室、中国国际神经科学研究所、北京功能神经外科研究所、北京市中西医结合神经病学研究所及中西医结合老年疾病研究所、首都医科大学中美神经科学联合研究所、神经病学研究所、脑血管病研究所、血管外科研究所、疼痛生物医学研究所、低氧医学研究所等机构。 “十二五”期间，共获得科研立项467项，其中课题149项，省部级课题116项，局级课题181项。获批经费32724.11万元。获得国家科技进步二等奖1项，北京市科技进步一等奖1项，北京市科技进步二等奖2项，全院共发表国内统计源文章3902篇，SCI文章788篇，临床科研的投入和产出稳步增加。